Su órgano más importante es la Asamblea de socios que se reúne dos veces por año, la cual elige a los Consejos de Administración y Vigilancia. Y este consejo a su vez nombra a las siguientes comisiones: Comisión Política, Comisión de Educación, Comisión Economía Solidaria, Comisión de Conciliación, Arbitraje, Comisión de Apoyo Técnico y Comisión de Bases Constitutivas y su Actualización.

A través de los acuerdos de la Asamblea General de Socios y de los acuerdos de sus diferentes cuerpos Directivos, establece líneas generales de trabajo que permitan el apoyo a los planes de consolidación y desarrollo de sus asociadas, pero también busca la integración de más Cooperativas a las Uniones y/o Federaciones para que éstas a su vez se integren también a la Confederación, así como participar y fortalecer el movimiento cooperativo nacional e internacional.